В винде можно за раз монтировать все фаворитисы, если пароль одинаковый. У меня сейчас как раз монтируется 2 раздела, которые на двух разных винчестерах и с одним паролем.
В линуксе я думаю можно обойтись скриптом, который запустит 2 диска и подставит один пароль (хотя я не уверен).
Проблема тут в другом. Винда может архивировать системный диск и спрашивает пароль после загрузки БИОС, но до загрузки винды и получается что ввод пароля для второго раздела будет после загрузки винды.
В линуксе системный диск архивировать нельзя (я читал про танцы с бубном для этого, но сам не пробовал). В любом случае, опять таки 1 раз пароль нужно ввести что бы расшифровать системный диск, а второй раз уже для второго диска после загрузки системы. Так же не ясно как вы в винде будете получать доступ к разделам отформатированным под линукс.
Я бы рекомендовал сделать несколько разделов:
1. Система Винды
2. Система линукс
3. Данные (один или несколько разделов)
Из этого всего шифровать только пункт 3 и форматировать в NTFS, тогда можно одним паролем монтировать несколько разделов и доступ есть как в винде так и в линуксе.
