holllop

Я бы рекомендовал сразу на Node.js поставить модуль fs в вашем вопросе не как без него.
Например

1. Добавить новые конфигурации сайта в общий файл nginx conf.

можно примерно таким образом.

const fs = require('fs');
const path = require('path');

const nginxConfPath = '/etc/nginx/nginx.conf'; // путь к вашему файлу nginx.conf

// Чтение содержимого nginx.conf
const nginxConfContent = fs.readFileSync(nginxConfPath, 'utf8');

// Дополнение новыми настройками
const newConfig = 
    server {
        listen 80;
        server_name example.com;
        location / {
            root /path/to/new/website;
            index index.html;
        }
    }
;

const updatedNginxConfContent = nginxConfContent + newConfig;

// Запись измененного содержимого обратно в файл nginx.conf
fs.writeFileSync(nginxConfPath, updatedNginxConfContent, 'utf8');

2. Создать папку сайта.

const newWebsitePath = '/path/to/new/website'; // путь к новой папке сайта

// Создание папки
fs.mkdirSync(newWebsitePath);

в остальном не очень уверен по этому наверное лучше не буду писать )