Всё оказалось просто и тупо. Оставлю, если кому будет интересно. Шторм индексировал папку с логами проекта, которые оказались включены. Он пытался этот рост заиндексировать прямо в реальном времени и закипал. Оказалось достаточно исключить папку логов из индекса, и всё вернулось на круги своя.