Сергей

иметь возможность манипуляции с программным обеспечением на клиентском ПК

если тут имеется ввиду установка/удаление, а тут

получать какие-нить отчеты

что-то вроде инвентаризации со списком программного обеспечения в компании, и железом, то гляньте в сторону Kaspersky Endpoint Security + Security Center, правда я не уверен, что оно умеет

где и сколько времени каждый пользователь проводит

сам я KSC использую вот уже года 2, безумно им доволен, спосал в очень многих ситуациях