В файле активной темы (с расширением .tmTheme):
Цвет активной строки
<key>lineHighlight</key>
<string>#C1C2CD</string>
Цвет выделяемого текста
<key>selection</key>
<string>#B6B7C1</string>
Удобно редактировать файл темы можно с помощью плагина
PackageResourceViewer.