Разобрался.
Ошибка возникала потому-что использовались одинарные кавычки, видимо при выполнении они убирались и скрипт пытался выполнить строку как команду.
Добавил двойные кавычки и всё заработало.
Наслаждайтесь:
"fix": "git add . && git commit -m \"fix: %npm_config_name%\" && git status && git tag"
И вызываем:
npm run fix --name="text 123"