Почти никакой разницы, обе команды - всего лишь симлинки на один и тот же файл. Но shutdown позволяет задать время, а в poweroff (согласно man'у) такой параметр не предусмотрен.
Вопрос несколько необычно сформулирован, так что в первый момент сбивает с толку. :)
При решении этой задачи мыслить и действовать нужно в три простых этапа:
1. поднять туннель;
2. настроить маршруты на обоих концах туннеля;
3. при помощи NAT настроить переадресацию. Всё.
Каждый из этих пунктов описан и обсуждён по тысяче раз, легко гуглится. Будут конкретные затруднения по какому-то пункту - пишите вопрос по этим конкретным затруднениям.