Мы в команде используем
Dr.Explain.
В ней есть как раз нужная вам "структура" и возможность добавлять и аннотировать скриншоты.
Лично мы выбрали эту программу из-за возможности совместной работы и возможности экспортировать текст прямо из программы в нужные форматы (нам был нужен HTML и CHM)
Из плюсов для писателя там еще есть "шаблоны",по которым быстро написали руководство.
Советую.
