Убедитесь, что сделали всё
строго по
инструкции: установили gulp-babel последней beta-версии вместе с ядром Babel 7, создали .babelrc-файл и так далее. Babel - штука, требовательная к мелочам, две разных версии его плагинов не будут работать вместе. По своему опыту скажу, мучился с ним очень долго, пока не решил "вернуться к корням" и не полез читать вышеуказанную инструкцию по эксплуатации.
В крайнем случае, есть и другие плагины, типа
gulp-autopolyfiller. Если совсем отчаетесь, пытайте счастья с ними.