Как я понял у вас проблема не во времени выполнения скрипта, а в количестве памяти, которое ему требуется. Попробуйте увеличить memory_limit в php.ini или оптимизируйте скрипт, снизив количество данных, которое ему требуется хранить - запускать скрипт несколько раз с сохранением состояния, на котором он остановился (к примеру используя флаги в tmp файле)
