Актуалочка для версии 5.2-stable.
Ищем в библиотеке файл class.phpmailer.php и открываем.
ищем строку 458
public $XMailer = '';
Меняем значение на нужное. Пример:
public $XMailer = 'меня';
получаем
Отправлено с помощью меня
при
public $XMailer = ' ';
убирает это сообщение из заголовка полностью