Сделать форк модуля и подключать его через гит например. Либо скопировать код измененного модуля из node_modules к себе в проект, а содержимое его package.json смержить со своим. Имхо, лучше форк.
Какая версия ноды используется? Возможно стоит апнуться. Еще дело может быть в парсере XML который отрабатывает каждые пять минут, может написать небольшой бенч для него и погонять?
UPD в package.json указана нода 0.8.1, актуальная сейчас 0.10.29