var x; // объявляем переменную тут, можно let x;
$( document ).ready(function() {
$('.btn-slider').on('click', function() {
x = 12, // изменяем значение переменной тут
$('.sliderPop').show();
$('.ct-sliderPop-container').addClass('open');
$('.sliderPop' ).addClass('flexslider');
$('.ct-sliderPop-container').addClass('slides');
});
$('.sliderPop').flexslider({
selector: '.ct-sliderPop-container > .ct-sliderPop',
slideshow: false,
controlNav: false,
startAt: x ,
controlsContainer: '.ct-sliderPop-container'
});
скорее всего проблема в том, что когда вы инициализируете переменную х внутри колбэка клика, то ее область видимости будет ограничена этим колбэком и после его выполнения переменная будет уничтожена. Чтобы иметь доступ к переменной в любом месте кода попробуйте объявить ее в глобальном контексте.