Формула для расчета letter-spacing в em:
X / 1000 = Y
Где X — значение интервала в Photoshop, а Y-то же значение, выраженное в em для CSS.

Есть и формула для расчета значения в пикселях:
X * S / 1000 = P
Где X — значение интервала в Photoshop, S — размер шрифта в пикселях (при работе в 72 dpi), и P — значение интервала для CSS.

Некоторые браузеры вычисляют значение интервала в пикселях, даже если он задан в em: происходит округление до целого значения.

у .navbar-brand padding правьте
Если хотите изменить высоту меню играйте с

#pe-main-menu #mega-menu-wrap-main-menu #mega-menu-main-menu > li.mega-menu-item {
    padding: 42px 0;
}