Конечно можно. У меня, к примеру, на сервере и php и python. По поводу java не могу ничего сказать, на web-сервере не использую.
По поводу php копать в сторону nginx + php-fpm
По поводу python копать в сторону virtualenv, nginx + uwsgi
Nginx у вас будет один, а вот конфиги для сайтов разные. Где-то вы проксируете на php-fpm, где-то на uwsgi.
