https://github.com/patroni/patroni/issues/541#issu...
После pg_upgrade надо сделать remove cluster, т.к. после pg_upgrade с точки зрения метадаты patroni это уже другая БД.
Потом поправить конфиг patroni ну и запустить , patroni заново прогонит bootstrap.
Ну и соответственно reinit реплик делать не надо , patroni будет заново раскатывать реплики.