gsaw

Поменял версию 6.0.1.Final на 5.4.33.Final и все заработало.

Моя ошибка была

@Bean(name = "dwhTransactionManager")
    @Primary
    public PlatformTransactionManager dwhTransactionManager(@Qualifier("dwhDatasource") DataSource ds) {
        return new DataSourceTransactionManager(ds);
    }

Вместо DataSourceTransactionManager надо было JpaTransactionManager использовать. Получалось, что JpaRepository не работали как надо. Данные запрашивать можно было, а запись в нирвану уходила. Поменял на JpaTransactionManager и все заработало.

Как только отправил вопрос, на ум пришло посмотреть документацию по deleteInBatch и там черным по белому написанно.

Assume that we will clear the EntityManager after the call.

Вообщем em.clear() между deleteInBatch и save помогло.