Возможно, это связано с сео.
username.habrahabr.ru и habrhabr.ru — два разных сайта в глазах поисковиков, из-за этого неправильно ранжируется выдача, пузомерки растут хреново и т.п.
Я даже более скажу, домен с www и без www — два разных сайта.
Поэтому надо ВСЕГДА прописывать 301 редирект в .htaccess
Делается это так:
#Redirect 301 / www.site.ru
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^site.ru
RewriteRule (.*) www.site/$1 [R=301,L] 
