Для Apache можно так. В корне сайта создаете файл .htaccess:
# Mod_Autoindex
<IfModule mod_autoindex.c>
Options -Indexes
</IfModule>
# Mod_Rewrite
<IfModule mod_rewrite.c>
Options +FollowSymlinks
RewriteEngine On
IndexIgnore */*
RewriteRule ^admin/(.*)?$ /backend/web/$1 [L,PT]
RewriteRule ^([^/].*)?$ /frontend/web/$1
</IfModule>
Далее в директории /frontend/web/ создаете файл .htaccess:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . index.php
Аналогично добавляете .htaccess в директорию /backend/web/:
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . index.php
