OS Fedora 14, нашел интересное в логах, вот строка когда запущен с /etc/
[Fri Apr 22 20:52:06 2011] [notice] SELinux policy enabled; httpd running as context unconfined_u:system_r:httpd_t:s0
а вот что пишет если с /usr/
[Fri Apr 22 20:26:59 2011] [notice] SELinux policy enabled; httpd running as context unconfined_u:unconfined_r:unconfined_t:s0-s0:c0.c1023
я так понимаю SELinux как то вмешивается в работу?