Dmitry

Всем спасибо за ответы! Проблема была решена снятием ограничителей MariaDB в my.cnf, а именно: max_connections и max_allowed_packet были увеличены во много раз. Теперь запросы выполняются одинаково моментально на обоих серверах.

Решение: в исходнике jscroll меняем следующее:
_$window = $(window),
на это
_$window = $('.os-viewport'),