Дмитрий.

Если получаете бесплатно в ФНС, то он будет неизвлекаемый. Забудьте про флешку и реестр. Приходите со своим токеном. Лицензии на криптоПРО в ЭЦП НЕ будет.

Видимо, речь про Россию? Если от физ лиц, нужна. От ЮЛ/ИП не нужна.