Database.EnsureCreated() не пересоздаёт, а проверяет, есть ли база и, если нет, то создаёт новую, иначе ничего не происходит.
Чтобы комменты подгружались вместе с артиклями, надо указать это явно:
var articles = context.Articles.Include(a => a.Comments).ToList();
