MVC это абстрактное понятие, которое обозначает разделение логики. Как вы это назовете не суть. Главное чтобы работа с логикой, с данными и с внешним видом была разделена. Т.е. если у вас три класса в одном файле и с помощью одного вы делаете доступ к данным, с помощью другого делаете доступ к внешнему виду, а с помощью третьего связываете все это вместе, то у вас тоже MVC.
В django логика работы программы(controller из MVC) описывается во view, работа с данными(model из MVC) происходит через model, а внешний вид(view из MVC) описывается в template. Во flask нужно самому думать что в какой файл положить и как делать структуру файлов.
