CMS — конструктор для создания сайтов, а CMF — конструктор для создания CMS. И у CMF много плюсов (при достаточных знаниях) по сравнению с CMS: можно реализовать любой дизайн, модули не влияют друг на друга, это своеобразный чистый холс, на котором можно сделать что угодно. Но опять же, четкие грани не всегда можно провести - некоторые системы одновременно являются и тем, и тем одновременно. Drupal, например. или бесплатный движок специально для интернет-магазинов DotPlant2, который разработан на фреймвоке Yii2, но он легко допиливается по функционалу и очень гибок. А вообще нужно каждый конкретный случай детально рассматривать
