Если я правильно понимаю что такое миграции, то речь идет о накатывании Тестовой базы на Рабочую базу, но при этом предполагается, что на Рабочей базе не было никаких изменений?
Т.е. запросы к базе на Тесте логируются и в дальнейшем этот перечень записанных запросов воспроизводится на Рабочей базе.
Но что, если на Рабочей базе также произошли изменения? В вопросе упомянут Битрикс, у которого, к примеру, идет сплошная нумерация элементов всех инфоблоков. Предположим, что на Тесте добавили 10 элементов и на Рабочем тоже добавили 10. Как то смержить такие базы возможно?