Сергей

В итоге просто снёс систему и заново поставил Ubuntu 14.04 и Nginx + Php-fpm + Mysql и все норм стало :)
Посмотрю что дальше будет.

В итоге методом проб и ошибок, обнаружил что после после увеличения worker_connections до 2000 и установкой worker_processes в значение 2, ошибки пропали и до сих пор не появлялись. Решил отписаться, дабы возможно инфа кому то будет нужна в случае аналогичной проблемы.

Сохранил настройки из файла nginx /etc/nginx/site-avaliable/default

Удалил полностью nginx
apt-get purge nginx

Добавил в /etc/apt/sources.list следующее (trusty - Ubuntu14.04):

deb http://nginx.org/packages/ubuntu/ trusty nginx
deb-src http://nginx.org/packages/ubuntu/ trusty nginx

Скачал ключ nginx.org/keys/nginx_signing.key

Обновил apt и установил nginx

apt-get update
apt-get install nginx

Вставил в /etc/nginx/conf.d/default.conf настройки с 1.4.6 nginx

Выше include fastcgi_params; добавил строку

fastcgi_param  SCRIPT_FILENAME  $document_root$fastcgi_script_name;

Перезагрузил настройки nginx и все
nginx -s reload