Как приостановить функцию в js?

Тебе не "функцию надо останавливать", а последствия ее запуска устранять. У тебя навешались слушатели событий на разные элементы. Я jQuery не использую, не уверен, но вроде как метод .unbind() как раз для этого существует.

Добавь в каллбек #click2 отписку слушателей событий, мож поможет:

$("#click2").bind("click", function() {
    $('#atr').unbind('mouseenter');
    $('#atr').unbind('mouseleave');
    $('#atr').unbind('click');
  });

Почему я не могу вызвать функцию из другого файла .js?

gooseNjuice (), функционал как раз таки разный, но на сегодняшний день нет ничего, что бы понадобилось React разработчику от jQuery. А вообще, это нормальный переходный этап в понимании JS экосистемы.

Для того, чтобы производить поиск элементов по селектору есть нативные функции:

// Поиск по ID
var b = document.getElementById('login').value;
 // Прям как jQuery, по любым селекторам
var a = document.querySelector('#login').value;

jQuery также часто используют, не зная как иначе работать с AJAX. Порекомендую для этого использовать Axios.