От самого Амазона:
Kindle for PC, умеет худо-бедно работать с коллекциями, но с одним большим НО — только с книгами купленными на Амазоне.
Раньше был плагин для программы Calibre, теперь дело обстоит так:
Amazon have removed the ability to manipulate collections completely in their newer models, like the Kindle Touch and Kindle Fire, making even the above plugin useless. If you really want the ability to manage collections on your Kindle via a USB connection, we encourage you to complain to Amazon about it, or get a reader where this is supported, like the SONY or Kobo Readers.
Амазон полностью убрал возможность управлять коллекциями в своих новых моделях, таких как Kindle Touch и Kindle Fire, сделав плагин бесполезным. Если вы действительно хотите управлять коллекциями на вашем Kindle через USB, мы просим жаловаться в Амазон по этому поводу, или приобрести электронную книгу, в которой такая поддержка присутствует, такую как SONY или Kobo Reader.
(
источник).
Теперь под Calibre, похоже, только путём джейлбрейка устройства (описание
здесь).
