"Каждый проект / сайт в отдельный контейнер" - в корне неверный подход. Контейнеризация - способ изоляции процессов, а не проектов. Т. е. на проекте у вас будет несколько контейнеров (один для ноды, один для реббита, один для постгреса и т. д.), и в основной системе вы будете видеть сразу всю эту кучу контейнеров со всех проектов. Поэтому, если Вы хотите изолировать друг от друга проекты, Ваш выбор - не контейнеры, а виртуалки на KVM (и вот там уже внутри виртуалок можно будет проект разбивать на контейнеры попроцессно). Так у вас будет нормальная изоляция проектов друг от друга, и проблемы в одном проекте будут по минимуму затрагивать другие.