Если на сервере больше сайтов (виртуальных хостов) нет, то нужно следующее:
в уже имеющийся конфиг виртуального хоста в секцию
server добавляете
server_name с вашим ip и если там есть server_name domain.com его убераем:
server {
server_name 10.11.12.13;
...
}
Далее делаем еще один виртуальный хост для нашего доменного имени или для дефолтного хоста, куда будут попадать все запросы не попавшие в наш виртуальный хост и делаем в нем запрет для всех:
server {
listen 80;
server_name domain.com;
deny all;
}
Тут вместо
server_name domain.com можно прописать
server_name _ для дефолтного хоста.
Документация:
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_core_module.html#s...
nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_access_module.html 
