Как вызвать функцию только после обновления state в useEffect?

Тогда думаю можно попробовать через второй useEffect, который будет зависеть от filters:

const [filters, setFilters] = useState();

  const filterByRedColor = () => {
    const apiUrl = `/api/?colorId=${filters.colors.red}`;
    callApi(apiUrl);
  };

  useEffect(() => {
    const asyncData = async () => {
      const data = await getFilters();
      setFilters(data);
    };
    asyncData();
  }, []);

  useEffect(() => {
    if (filters) {
      filterByRedColor();
    }
  }, [filters]);