Поставил бы решением ответ от Valentin Barbolin, да он ответил не туда.
https://www.baeldung.com/linux/clone-space-in-use-...
Оказывается, у dd есть опция conv=sparse, которая позволит скопировать раздел в разреженный файл.
Только перед этим надо свободное пространство на разделе забить нолями. (dd if=/dev/zero of=/mnt/sdXY/zero; rm /mnt/sdXY/zero)
А если нужно записать разреженный образ на реальный раздел, то можно смонтировать его как loop устройство и уменьшить ФС.
https://askubuntu.com/questions/260620/resize-dev-...