Используй пространства имен, вынеси классы в отдельные папки соответствующие их ответственности, почитай про PSR.
Почитай про SOLID.
Используй какой-нибудь фреймворк на MVC, подключи автозагрузчик классов, либо можешь без фрейморка самописку накатать с помощью библиотек типо
https://github.com/klein/klein.php + шаблонизатор подключи + ORM для работы с бд, вынеси конфиг проекта в отдельный файл, выдели папку под тесты