В общем, нашел причину.
Оставляю ответ тут, ибо куча вопросов на хабре, и нет ответов.
Суть в том, что Stage сделаны, чтоб заменять друг друга. А сцену нужно все помещать в 1 массив.
Надеюсь помогу кому-нибудь.
Было:
bot.use(session());
const giftCreate = new Stage([require('./scenes/giftCreate.js')(bot)]);
bot.use(giftCreate.middleware());
const giftUse = new Stage([require('./scenes/giftUse.js')(bot)]);
bot.use(giftUse.middleware());
const ы = new Stage([require('./scenes/priceEdit.js')(bot)]);
bot.use(priceEdit.middleware());
Стало:
bot.use(session());
const stage = new Stage([require('./scenes/giftCreate.js')(bot), require('./scenes/priceEdit.js')(bot), require('./scenes/giftUse.js')(bot)]);
bot.use(stage.middleware());