Можно, достаточно лишь работать с ними, как с разными клиентами. Не пишу на py, но думаю, если вы хоть чуть чуть разбираетесь в коде, сможете перевести мой js код на py:
const bot = new Discord.Client({`тут intents и partials`});
const bot2 = new Discord.Client({`тут intents и partials`});
//мы создаем 2 ds клиента, после чего используем их там, где они нужны предварительно включив их.
bot.login(`token`);
bot2.login(`token`);
// после этого можете работать с ними и переплетать их бд и функции, как вам угодно