Проблема устранена, помогла статья:
https://github.com/gitlabhq/gitlab-public-wiki/wik...
Ошибка была найдена в файле: /home/git/gitlab-shell/config.yml
gitlab_url: не был указан порт
с помощью само-диагностики git: sudo -u git -H bundle exec rake gitlab:check RAILS_ENV=production