Ваш вопрос в общем то не относится ни к командной строке, ни к Python. Гуглите
custom uri scheme for application.
В разных ОС это по-разному реализуется. Вам где-то (в Windows это реестр) нужно объявить, что вашему приложению соответствует та или иная схема URI. Вот пара ссылочек, остальное сами найдёте:
https://blog.xojo.com/2016/08/16/custom-uri-scheme...
https://developer.apple.com/documentation/xcode/de...
В приложении, на каком языке бы оно не было, вам потребуется реализовать хотя бы простейший парсер URI.
