Армянское Радио

По первому вопросу - да, это крайне желательно. Плюсом также идет возможность вписать плату в нужный габарит и конфигурацию корпуса, возможность выкинуть лишние детальки (вот вам нужен конвертер USB-Serial? А линейный источник питания? А разъем USB.?) и так далее. Зато нужна пачка фильтров по питанию (это же автомобиль), защита входов и выходов.

По второму вопросу - java тащит за собой jre, а он довольно жирный, ему нужен жирный контроллер, который любит вкусно кушать электроэнергию. Кроме того, поведение и задержки программы на C++ довольно предсказуемы, на java - нужны дополнительные ухищрения для того, чтобы сборщик мусора не навестил вас внезапно.

Можно дальше развивать тему, отметив, что в условиях жестко ограниченных ресурсов (сколько там RAM? 8 килобайт?) язык с ручным управлением ресурсами (C, C++) гораздо более предсказуем, нежели вся такая автоматическая и удобная жаба.

Ну и еще - я за всю свою радиогубительскую практику (более 15 лет) ни разу не покупал ардуину - я сразу проектировал прототип и делал плату (сначала ЛУТом, потом заказывал на производстве, так как это качественней и не намного дольше + на производстве изготовят сразу десяток плат, которые не страшно запороть в процессе отладки) - это
на порядки надежнее ковыряний в клубке проводов. Ну и некоторые девайсы с аналоговым трактом (анализатор спектра, анализатор миоактивности) в виде клубка просто не работают.

Можно начать с www.easyelectronics.ru. У меня обычно плата начинает разрабатываться после выбора нужных компонент в нужных корпусах.

Понятно, что размеры резисторов и конденсаторов определяются требованиями схемы, а не платой - если по схеме нужен резистор 2Вт, извольте поставить 2Вт.

То есть порядок такой (я использую KiCad): Составление схемы, тест связности (проверка на то, что все что должно быть запитано по схеме - запитано), назначение компонентов (это автоматически приводит к тому, что подгружаются нужные 3D модельки или по крайней мере, размерные маски), затем расстановка и разводка (автоматом или руками).

Касательно размера дорожек - это тоже определяется схемой и требованиями производства.