Привет!
Все зависит от того, какой функционал требуется от Jira.
В нашей организации существует целое подразделение по администрированию стека продуктов Atlassian.
Конечно, если у Вас jira используется исключительно для таймщита отдела (перемещать\ставить задачи сотрудникам), то тотальная кастомизация Вам не нужна.
Я работаю в организации, которая разрабатывает и сопровождает программное обеспечение для банков и, как правило, стандартного функционала попросту не хватает. Мы используем в связке с Jira такие серьезные плагины как:
- Script Runner от adaptavist;
- Полный стек продуктов от Teamlead.ru.
Ежедневно кастомизируем проекты и Workflow (на языке groovy пишем валидаторы\пост-функции), с помощью продуктов от teamlead мы совершаем манипуляции с экранными формами (по "хотелкам" заказчиков), заходим от лица обычных пользователей (тестируем функционал). Часто дергаем данные из БД, делаем связку продуктов Atlassian со сторонними сервисами и многое-многое другое :)
Jira- это весьма многогранный продукт. Его можно использовать для тривиальных задач и считать, что он легко админится, из разряда - "да и вообще там школьник справится" :) Или же использовать для серьезных вещей, от которых зависит жизненный цикл разрабатываемого программного обеспечения.
P.S.: И да, Jira - это очееееень дорого