По CentOS много мануалов, начните с работы через консоль с менеджером пакетов(забыл как он там называется), придется немного подумать, но оно того стоит. Nginx php mysql элементарно ставится, для начала хватит простых мануалов из блогов, гуглите мануалы посвежее и вперед. Советую использовать sftp для файлов.