1. Для хранения настроек есть специальный класс, который хранит их в специально отведённом для этого месте, гуглите.
2. Если будете все пихать в VM - она будет слишком жирной, да и не верно это с разных точек зрения.
Если использовать IoC-контейнеры, то с IsolatedStorage должен работать сервис, который абстрагируется от конкретной платформы, т.е от WinPhone (будет особенно полезно для кросс-платформенной разработки на Xamarin). Этот сервис по сути слой доступа к данным, т.е. модель.