froosty

Для работы с cookie я использую вот это https://code.google.com/p/cookies/

А дальше на каждой странице добавляете код:

function check(interval){
	var first_login_time = $.cookies.get('first_login_time');
	var now = new Date();
	var permited_time = 1000 * 60 *3; // 3 минуты

	if (first_login_time == null){
		// Чувак зашёл первый раз
		$.cookies.set('first_login_time',now.valueOf());
	}
	else{
		if (now - first_login_time > permited_time){
			/*
				Тут показываешь своё окно
			*/

			// Чтобы окно больше не показывалось:
			var new_first_login_time = new Date();
			$.cookies.set('first_login_time',new_first_login_time.valueOf());
			
			// Если раскомментировать следующую строчку - на этой странице окно больше не будет показано
			// clearInterval(interval);
		}
	}
}

var interval = setInterval(function(){
	check(interval);
}, 1000);