1) Разрешить вход для root в настройках sshd (Хотя не советую)
2) Скопируйте всё в домашнюю директорию, а уже потом войдите через ssh и с помощью команды mv переместите от root'a файлы, куда необходимо переместит
3) Или можно на самом сервере в нужных директивах создать папку с правами вашего пользователя через chown и залить содержимое (Мало ли, вдруг у Вас место нету на /home разделе достаточного). А уже потом поменять права так, как Вам нужно
Не знаю, как в Filezilla, сам я WinSCP использую и там нету функционала, чтобы повысить привилегии до root, зайдя под обычным admin'ом.
