это-ж Linux, вам не нужны пляски с бубном, скопируйте корень, поставьте груб и всё работает, или поставьте сервер и скопируйте директории. Сделайте бекап через tar, скопируйте на сервер и распакуйте, поставьте какую-нить утилиту для бэкапа и перенесите его на сервер. Вариантов миллион, реестра нет, настройки не хранятся в 100500 вложении папки AppData, никаких особых программ не надо, работайте с райдом как с директорией.