Алексей Курепин

Правильный ответ, если кто-то искал похожее:

$client = new Zend_Soap_Client($uri,
        array(
            'login' => $login,
            'password' => $password,
            'soapVersion' => SOAP_1_1)
        );

$r_xml = simplexml_load_file('./request.xml');
$f_xml = simplexml_load_file('./filter.xml');

$p_obj = new SoapVar($profile, XSD_STRING);
$r_obj = new SoapVar($r_xml, SOAP_ENC_OBJECT);
$f_obj = new SoapVar($f_xml, SOAP_ENC_OBJECT);

$params = array(
    'Profile' => $p_obj,
    'Request' => $r_obj,
    'Filter' => $f_obj
    );
$result = $client->SubmitXml($params);

Содержимое request.xml и filter.xml должно быть обрамлено в и тэги соответственно.