Какие риски использования Яндекс почты для доменов?

>Тут на тостере были случаи потерь ящиков, причем команда яндекса толкового ответа не давала

Потери именно ящика, не доменного аккаунта?
Ящик - не страшно, поскольку POP3\SMTP и данные все у клиента, а создать новый 5 минут.

Какие риски использования Яндекс почты для доменов?

>Ну и невозможность удалить письма через поп3

А это как? Совсем-совсем? В клиентах предусмотрена настройка "удалять письма c сервера старше N дней", она не работает?