это проблема не VSCode, а терминала который там внутри.
Попробуйте выбрать другой терминал или посмотрите куда он идёт по тильде (дом.директория) `cd ~`. В дом.директории должны быть нужные ssh-ключи, если их там нет, то скорее всего терминал запускается от другого пользователя.
