Выбор шаблона происходит в файле
template-loader.php, он подключается напрямую из
wp-blog-header.php (который в свою очередь подключается из
index.php) после разбора основного запроса.
Здесь можно посмотреть упрощённую схему всего процесса загрузки:
«Make sense of WordPress core load».