Работодатель, как я понял, настроил мне туннели через мой роутер (извиняюсь, если криво пишу). Может ли работодатель отслеживать мой трафик?

Если в тунеле еще прописан днс, сможет смотреть список посещаемых сайтов. Для надежности на компе ручками прописать dns какой нибуть публичный.